Gmina skupia w swych granicach cenne elementy naturalnego środowiska przyrodniczego, dlatego też całość gminy uznana została jako obszar chronionego krajobrazu. Oznacza to, że obszar ten podlega zagospodarowaniu w sposób zapewniający uzyskanie pożądanego stanu równowagi w przyrodzie. Ochrona przyrody realizowana jest również poprzez ochronę ginących gatunków roślin i zwierząt. Ponadto na terenie gminy indywidualną formą ochrony objętych jest 6 pomników przyrody. Teren gminy Raba Wyżna nie jest objęty formą ochrony przyrody, jaką jest park narodowy. Nie wchodzi on też w skład otuliny takiego parku. Nie mniej jednak z terenu gminy można dostać się do Gorczańskiego Parku Narodowego, czy też robić wędrówki na stoki Babiej Góry w Babiogórskim Parku Narodowym.
Surowce mineralne
Złoża surowców mineralnych występujących na terenie gminy obejmują głównie grupę – surowce skalne, do których zalicza się piaskowce i żwiry. Piaskowce występują we wszystkich jednostkach strukturalnych Karpat fliszowych i stosowane są w różnych dziedzinach budownictwa i drogownictwa, w zależności od ich własności technologicznych. Złoża kamieni drogowych i budowlanych znajdują się w Sieniawie, których zasoby bilansowe (geologiczne) wynoszą 200 tys. t. Obecnie są to złoża zaniechane.
Woda
Na obszarze gminy Raba Wyżna wyróżnić można poziom wodonośny w utworach fliszowych. Horyzont wodonośny tworzą tu wody szczelinowo-porowe zalegające w warstwach gruboławicowych piaskowców. Wydajność tego poziomu jest duża w strefach zasilania, poza tymi strefami wydajność się zmniejsza z uwagi na trudności z infiltracją wód poprzez pokrywę czwartorzędową lub serię łupków. Zasobne fragmenty warstw wodonośnych zaliczone zostały do Głównych Zbiorników Wód Podziemnych przez Instytut Hydrogeologiczny i Geologii Inżynieryjnej AGH.
Jednym z priorytetów gminy jest proekologiczna polityka zrównoważonego rozwoju. W tym celu przygotowywane będą programy pozwalające na pozyskiwanie energii odnawialnej, likwidację niskiej emisji, utylizacji azbestu i segregacji odpadów. Będą prowadzone działania edukacyjne wśród rolników oraz będzie stworzony system monitoringu środowiska. Działania te mają też na celu uświadomienie mieszkańcom szkodliwości i zagrożenia spalania odpadów niebezpiecznych dla zdrowia oraz zachęcenie rolników do prowadzenia produkcji rolnej w sposób przyjazny środowisku naturalnemu.
Stosunkowo niewielki procent objęcia mieszkańców systemem zbiorowego odprowadzania ścieków i zaopatrywania w wodę może w nieznacznym stopniu ujemnie oddziaływać na środowisko przyrodnicze. Dlatego też ważne wydaje się, iż dalszy rozwój gminy powinien opierać się na rozwoju infrastruktury w zakresie gospodarki wodno – ściekowej, gospodarki odpadami oraz edukacji ekologicznej.